香港反修例运动後出现的人才外流问题，在有「铁饭碗」之称的公务员队伍中亦有出现。根据官方数字，上一财政年度的公务员流失人数和辞职人数均大幅上升，而辞职人数更在五年间跃升近三倍，达3734人，是香港回归中国25年以来新高，最多人辞职的年龄组别是25至30岁，而部门则以卫生署占多，接近三百人，占该部门人手4.17%，远高於平均水平。部分服务因此受影响，例如逾半数泳滩便因救生员人手不足而未能开放。
另外，有89名公务员因为参与反修例运动而被捕，当中58人已离开政府，5人近月被法庭裁定罪成，将被纪律处分；其馀26人不获起诉或获判无罪，但仍需接受内部调查。
立法会特别财务委员会下周二（11日）起讨论新一份《财政预算案》，港府不同部门近日陆续书面回覆议员质询，当中，掌管17万多名公务员聘用事宜的公务员事务局，其回覆显示，在2017/18至2021/22年的过去五个财政年度(每个财政年度为当年4月至翌年3月)，头四年均在8616人至8494人之间变动，但在2021/22年度，人数却大幅升至10487人，接年增幅为23%；而流失人数占公务员总人数的比率，亦由之前的4.8%升至5.9%。
局方解释，退休是公务员离任的主要原因。但事实是，辞职比例亦越来越高，上一个2021年度，逾万名离职公仆中，有3734人自行辞职，占比达35.6%。
值得注意的是，在过去五个年度，辞职人数每年按年约增一百多人，到2020年度，人数已较前增近三百人，有1863人放弃「铁饭碗」；而上一年度更倍增至3734人。若与2017年度的1333人相比，上年度是2017年度的2.8倍。另外，最多人辞职的年龄组别是25至30岁，有800人。
局方指出，公务员的辞职原因包括健康或家庭理由丶进修丶转职等。当局重申，公务员团队人员流转及更替属「正常和稳定」，会继续留意情况，确保各政策局和部门及早制订人力计划，适时展开招聘和加强宣传，以填补空缺。
不过，不少专业职系均感受到人员流失的压力，医护及建筑相关工程是重灾区之一。根据局方数据，若以连续服务10年，但未到正式退休年龄而离职的公务员计算，2021年度比四年前升逾四倍，最多是来自衞生署，有113人，其次是社会福利署。事实上，卫生署的辞职人数亦是最多，有297人。而牙医离职者亦有39人，占编制13.4%，远高於同年度5.9%的整体公务员离职率。
立法会医卫界议员林哲玄表示，本地医护人手短缺，希望政府增加卫生署人员编制，纾缓医护工作压力，亦要让卫生署员工看到发展和晋升前景。
不过，港府的对应方法是让医院管理局到英国招聘，吸引不少快将毕业的医护人员，与流失十年以上年资者，大不相同；另外就是建议强制牙科毕业生须在公立诊所或医院至少实习一年才可注册和独立执业，期望藉此增加人手供应，但反被批会吓走人才。
另外，康乐及文化事务署上月底公布，全港39个公众泳滩中，只有18个提供救生员服务，意味有不足一半泳滩供市民安全畅游，港九拯溺员工会翌日在社交平台发贴，指公众泳滩开放率不足一半是因为人手不足所致，促署方检讨救生员待遇和招聘制度，以增加人手。